Dos años y medio despues de que Naruto dejara la aldea de Konoha para entrenar con su maestro Jiraiya, este regresa a la aldea y se reencuentra con sus amigos. La aldea ha cambiado mucho, incluyendo sus ninjas, Naruto se da cuenta de que todos ya han pasado el examen Chunnin, incluso Neji, Temari y Kankuro son Jounin y ahora Gaara es el Kazekage de la aldea de la Arena.

Sakura por su parte se ha convertido en la alumna de Tsunade y ha alcanzado niveles muy altos en su Jutsu medico y en su fuerza bruta.

 

En esta parte de la historia, Akatsuki por fin comienza a mover los hilos de su organización, intentando capturar a todos los Jinchurikis (Las personas que tienen sellados en sus cuerpos las almas de los mitológicos demonios) y de esta forma extraer así los Bijus (los demonios mitológicos) para sus planes.

Naruto corre grave peligro ya que él es el Jinchuriki de 9 colas y Akatsuki anda tras el, pero todos en la aldea ven a un Naruto mucho más maduro y más poderoso, lo que les da confianza, aun Akatsuki sabe que enfrentarse a Naruto es un riesgo a tomar.
También hace su aparición Sasuke, quien con tal de tener el poder suficiente para vengarse de Itachi, ha alcanzado niveles muy altos como ninja, incluso ha desarrollado algunos Ninjutsus prohibidos.

 

La serie está llena de acción, desde el primer capítulo, y es en esta serie donde todas las preguntas se comienzan a responder y algunas cosas ocurridas en "Naruto" empiezan a tener sentido.