La historia comienza cuando un joven llamado Maebara Keiichi llega a un pueblo llamado Hinamizawa al cual le toma mucho cariño en este pueblo tiene amistades como cualquier otro joven jeje sus amigas son Ryuuguu Rena, sonozaki Mion, sonozaki Shion(Hermana de Mion), Satoko Hojo, y Rika Furude las cuales acompañaran, disfrutaran con keiichi de las actividades de el club al cual pertenecen en el que se reúnen luego de las clases a desarrollar diferentes juegos de mesa en fin la trama comienza cuando Keiichi y Rena se trasladan hacia una presa que estuvo en construcción en el cual en ese instante es un basurero al cual Rena asiste a buscar tesoros (Basura reciclable)Cuando Keiichi se dio cuenta de que en ese lugar ocurrió una masacre en ese momento comienza el misterio por descubrir las causa y asesino de todos los homicidios ocurridos…

La historia se desarrolla en una pequeño pueblo llamado Hinamizawa, la cual tiene una población aproximada de 2,000 personas, él pueblo cuenta con una sola escuela, en la cual cursan sus estudios los protagonistas de la serie. El pueblo de Hinamizawa se vio afectada años antes por un gran conflicto el cual se trataba sobre la construcción de una represa la cual era apoyada por un pequeño grupo de personas pero otra gran parte no estaba deacuerdo con esta construcción por lo cual se llevaron a cabo grandes disturbios alrededor de esta construcción donde se registro un terrible asesinato se encontró varias partes de una persona asesinada la cual tenia una fuerte conexión con las personas que querían construir la presa lo cual la llevaba a apoyar la petición el porque fue asesinada no se sabe, quien fue mucho menos lo único que sabemos es que en el momento que maebara keiichi se da cuenta de este suceso hará hasta lo imposible para descubrir el misterio de hinamizawa…..

En el pueblo mantienen la tradición del festival de Watanagashi, el Festival que se celebra en Hinamizawa en el mes de junio, como muestra de agradecimiento a Oyashiro-sama, dios adorado en la villa. Los pobladores realizan una feria en la cual abren unas tiendas en las que se venden diferentes productos, así como juegos para los chicos. Por la noche, el clan Furude se encarga de preparar el algodón para ser cogido por los demás pobladores. Al coger el algodón, se dirigen al río y lo colocan allí, esta tradición con el simbolismo de que el algodón al ser mojado absorbe todos los pecados cometidos por ellos pero desde el incidente de la presa cada año, el mismo día de la celebración del festival del Watanagashi ocurrían muertes macabras seguidas por desapariciones de una persona cercana al asesinado esto intriga mucho mas akeiichi en su investigación y hasta lo hace poner en peligro su propia vida y las de sus amigas en fin desde los sucesos el festival lo realizan con el propósito de calmar la furia de Oyashiro-sama.(dios adorado en ese pueblo)